La infancia de Gacy fue de calma y prosperidad teniendo buenas calificaciones en la escuela y aunque no era particularmente popular era apreciado y tenia amistades de los boy scouts y de sus primeros compañeros de trabajo. La mayoría de los muchachos de su edad se empleaban desde temprana edad, mismo caso de Gacy quien después de asistir a clases tenía sus rutas para repartir periódico y también trabajó en una recaudería. Podríamos decir que siempre fue un hombre ocupado en trabajo, escuela y diversiones.
Las dificultades no tardaron en ocurrir en la vida del joven Gacy: A los 11 años jugando con unos palos de juego, sufrió un golpe en la cabeza que le provocó la aparición de un coagulo. Sin embargo este no le fue diagnosticado hasta los 16 años. Así que en un lapso de 5 años sufrió desmayos repentinos y suponemos que daños cerebrales, aunque mínimos. El problema fue resuelto mediante un medicamento que disolvió el coagulo. A los 17 comenzó con sus problemas cardiacos y dolores de los que nunca se pudo descubrir la causa. Toda su vida padecería de estos episodios cardiacos -aunque nunca que pusieran en peligro su vida- que se agravaron una vez que fue encarcelado, claro esta.
En cuanto a sus relaciones familiares existían fuertes lazos entre el joven Gacy y su madre y hermanas. Lazos que perdurarían en las buenas y en las malas ocasiones. En cuanto a su padre, se dice que era un hombre alcohólico e irascible que con frecuencia abusaba verbalmente tanto de sus hijos como de su esposa. A pesar de las violencias de señor Gacy, el joven John amaba profundamente a su padre y deseaba ser amado y admirado por su padre, aunque no tuvo la oportunidad de lograrlo plenamente y eso fue motivo de frustración durante toda su vida.
Después de esto, Gacy trató de terminar sus estudios sin mucha fortuna y partió a Las Vegas donde solo halló empleos de muy baja paga de ese modo regresó a Chicago donde se matriculó en una escuela de negocios. Tras titularse consiguió trabajo en una zapatería y ahí ganó posiciones hasta hacerse el encargado de una tienda de ropa para caballeros. En realidad Gacy era un vendedor nato, así que puliendo y explotando sus habilidades fue escalando poco a poco hacia el éxito empresarial. En 1964 se casó con Marlynn Myers cuyo padre era dueño de franquicias de Kentucky Fried Chicken así que el nuevo yerno obtuvo una merecida posición en la organización de la familia. Quiso aprender del negocio desde cero y así tomaba usualmente jornadas de trabajo de 10 a 14 horas. Y cuando no estaba trabajando estaba envuelto al 100% en actividades comunitarias. Se enroló en diversas organizaciones civiles siendo la mas notoria la de los Jaycees quienes lo nombraron en una ocasión 'El hombre del año'... dichas comunidades se dedican a la perfección del liderazgo comunitario y empresarial de sus asociados. Y John Wayne Gacy dedicaba por entero sus esfuerzos y su vida en ello. Quienes lo conocieron dicen que se distinguía por su gran ambición y sed de reconocimiento público.
Fruto de su matrimonio tuvieron un hijo y una hija. La señora Gacy vivía feliz cuidando a sus hijos y él trabaja incansablemente al grado de sufrir un ocasional colapso nervioso. Pero sus problemas de salud: el sobrepeso, lo del corazón y lesiones en la espalda no constituyeron ningún impedimento para que Gacy continuara su carrera comunitaria. Al parecer todo era miel sobre hojuelas, pero no tanto. Pronto comenzaron a correr los rumores acerca de la homosexualidad de Gacy. Se decía que siempre en el trabajo estaba rodeado de jovencitos y que sostenía relaciones con algunos de ellos. Los más cercanos e íntimos se negaban a aceptar tales historias. Hasta que en el año de 1968 un jurado de Ohio lo declaró culpable por cargos de sodomía. La víctima, un tal Mark Miller lo acusó de haberlo engatusado hasta tenerlo atado y violarlo hacía un año antes cuando fue a verlo en su casa. Aquello fue un duro golpe por si no bastaban los rumores, aparte Gacy trató de defenderse inventando una historia que no sirvió de nada. Tiempo después contrató a un muchacho para que le diera una paliza a Miller, complicando todo su proceso penal. En este episodio el juez ordena una serie de pruebas psiquiatricas a Gacy determinándose que es capaz de comparecer en juicio pero a la vez se establece que su conducta es antisocial y que no hay tratamiento conocido para su problema. Fue sentenciado a 10 años de prisión y poco después de ingresar al penal su esposa se divorció de el argumentando que había roto los votos matrimoniales. A los 26 años John Wayne Gacy Jr. pisaba la cárcel por primera vez.
El 18 de Junio de 1970 gracias a su conducta de prisionero modelo recibe la libertad anticipada y regresa a Chicago para 'rehacer' su vida. Llega a casa de su madre pero se da cuenta de que debe independizarse de nuevo, así que con la ayuda financiera de sus hermanas compra una casa nueva en un suburbio de la ciudad para comenzar de nuevo sus negocios. Así que entro como chef a un restaurante de la ciudad y comenzó nuevas amistades con sus vecinos, los Grexas con quienes tenia frecuentes encuentros para jugar cartas o tomar tragos, obviamente ignoraban el pasado criminal de su nuevo y bonachón vecino. En 1972 Gacy volvió a contraer matrimonio, esta vez con una mujer divorciada y con dos hijos pequeños. Carole Hoff se llamaba la nueva esposa y estando emocionalmente vulnerable no fue difícil conquistarla con detalles de generosidad. Así que esta mujer pensó que Gacy sería un excelente sostén para ella y sus hijos a pesar de que no ignoraba que Gacy había estado en prisión pero confió en su nueva actitud y que corregiría sus pasos.
Fue así que pasaron los años en que Gacy mantuvo su secreta vida criminal de sodomía y asesinatos mientras que ante la sociedad era un próspero empresario que con frecuencia organizaba parrilladas en su casa las cuales por cierto eran eventos exitosos y comentadísimos. Eso si, nadie dejaba de quejarse del extraño y nauseabundo olor que emanaba la propiedad ante lo cual la explicación era siempre que las partes bajas de la casa estaban invadidas de un moho apestoso. O de que alguna rata había muerto en la cañería. Solo Gacy sabía exactamente el origen de tales olores. Luego la conducta de Gacy comenzó a deteriorarse pasando del buen humor a rachas de ira inexplicables y había perdido el interés sexual hacia su mujer. A esta no le preocupó tanto esto último como el hecho de que comenzó a hallar revistas pornográficas de hombres y jovencitos y hasta Gacy le llegó a espetar que prefería a los jóvenes sobre las mujeres. En su trabajo igualmente era notorio como estaba rodeado de muchos efebos argumentando que contrataba tales empleados para ahorrarse dinero, pero la gente ya sospechaba que no solo era para ahorrarse la lana sino para satisfacer sus cada vez más obvias inclinaciones sexuales. Por supuesto que no faltaron los episodios rasposos y violentos entre sus jóvenes empleados y Gacy, quien se les aventaba y extorsionaba con no pagarles si hablaban del asunto. El 2 de Marzo de 1976 finalmente quedaron divorciados los Gacy.
Finalmente en 1978 todas las atrocidades cometidas por Gacy tenían que salir a la luz pública. Todo se derivó de la continua desaparición de jovencitos sin mayor explicación. La policía poco a poco comenzó a centrar su atención en este sujeto y descubrieron que ya estaba catalogado como criminal sexual así que fue cuestión de algunas ordenes para registrar su propiedad para encontrar material sospechoso. Ante los primeros análisis la evidencia era cada vez más crítica para ligar a Gacy con la desaparición de varias personas. La policía se dio cuenta que tenía un caso grueso entre manos y decidió arrestar a Gacy. Aunque no se descubrieron los cuerpos inmediatamente fue cosa de días para comenzar con la ardua labor de exhumar hasta 29 cuerpos de la propiedad en que vivía. Gacy tuvo que confesar y de hecho indicar a la policía de mas cuerpos que había abandonado en el río. El juicio fue arduo pero la sentencia fue definitiva y tras varias apelaciones Gacy murió en la penitenciaria de Stateville Ohio por inyección letal. De hecho tal procedimiento no estuvo exento de incidentes siendo el principal que los químicos usados para matarlo se solidificaron y desde entonces el procedimiento ha sido cambiado. Gacy tardó 27 minutos en fallecer y su última sentencia para con un guardia antes de ser ingresado a la cámara fue 'You can kiss my ass'.
Algunos señalan la pobre relación con su padre alcohólico, un trauma en la cabeza y unos subsecuentes desmayos en su adolescencia como la base de sus actos. También se especula que la matanza de hombres y niños era la expresión subconsciente del odio a sí mismo por su propia homosexualidad. A menudo declaró que se desinhibía en el momento del sexo. De todos modos, sus víctimas fueron mayoritariamente hombres heterosexuales y el atributo común entre ellos era la juventud y la belleza.
Después de su ejecución, el cerebro de Gacy fue extraído. Actualmente es de propiedad de la Dra. Helen Morrison, quien entrevistó a John y a otros asesinos seriales en un intento por aislar los rasgos comunes en su personalidad.
Los abogados de Gacy contrataron a un psiquiatra forense para que examinara el cerebro de Gacy después de morir. Los resultados revelaron que no había anormalidades. El especialista afirmó que John no encajaba en ningún perfil psicológico propio de los asesinos en serie y que probablemente la razón de su actuación no se sabrá jamás. Durante el juicio, la Dra. Morrison apareció como testigo psiquiátrico y declaró que Gacy tenía "el maquillaje emocional de un infante".
Durante los 14 años que pasó en prisión, Gacy solía pintar con óleo. Su tema favorito eran los payasos. Dijo que usaba su acto de payaso como álter ego. Sus pinturas incluyen imágenes de Blancanieves y del asesino en serie Jeffrey Dahmer.
Muchas de las pinturas de Gacy fueron vendidas en una subasta luego de su muerte. Una de sus obras más famosas es la que aparece el cantante GG Allin, quien solía visitar a Gacy en prisión y con quien mantenía correspondencia hasta que falleció el 28 de junio de 1993. La pintura ahora es del hermano y bajista de Allin, Merle Allin. Una reproducción de la imagen en blanco y negro puede ser vista en la portada de la banda sonora del documental de GG Allin, Hated: GG Allin and the murder junkies.
Sus pinturas también han sido usadas como adorno del álbum de Acid Bath, When the kite string pops. Gacy hizo pinturas para el artista, músico y actor Glen Meadmore, con quien también mantuvo correspondencia por un tiempo. Un retrato de Meadmore, pintado por Gacy, aparece en la portada de su disco Hot, horny and born again.
Otra pintura de John Gacy pertenece a Dani Filth, de la banda metal Cradle of Filth. El cineasta John Waters también posee un cuadro de Gacy que, según él, está colgado en la habitación de huéspedes de su casa, "para que las visitas no se queden demasiado tiempo".